Со 2-го года жизни обычно рост главного корня приостанавливается и усиливается развитие боковых горизонтальных корней. Глубина залегания основной массы корней облепихи от 0,5 до 1 м. Растения имеют горизонтально направленные слабоветвящиеся шнуровидные (ве-ревкообразные) мясистые корни со слабо развитой механической тканью, с небольшим количеством обрастающих мочковатых корней. Диаметр площади, занятой корневой системой взрослых растений, достигает 12 м.
Облепиха успешно выдерживает затопление полыми водами, а на заглубленной части ствола вскоре появляется новый ярус корней. В результате неоднократного затопления и заиливания у куста облепихи может развиться несколько ярусов корней с первичными корнями в нижней части. Следует, однако, отметить, что при возникновении нового яруса корней первый (нижний) ярус корней становится малоактивным, а подчас и отмирает. Это обстоятельство следует учитывать при рекомендациях по углубленной посадке растений облепихи. В расчете на развитие второго дополнительного яруса корней можно ослабить функцию корней первого яруса, а затем добиться и их отмирания, перенеся всю корневую систему в более поверхностные горизонты почвы.
В условиях культуры основные особенности корневой системы облепихи сохраняются: она остается поверхностной, со скелетными корнями, направленными горизонтально и захватывающими большую площадь, но на них появляется большое количество обрастаюяцих мелких корней. У взрослых растений корни проникают далеко за пределы кроны и дают корневые отпрыски. В связи с таким распределением корневой системы пересадка крупных растений сопряжена со значительными трудностями и нередко с риском гибели растения. У кустов, подлежащих пересадке, необходимо заранее подготовить более разветвленную корневую систему соответствующей подрезкой. Решающим условием успешной приживаемости пересаженных растений и своевременного развития у них новых корней следует считать поддержание почвы около них во влажном состоянии. Пикированные сеянцы имеют мочковатые корни и при пересадке хорошо приживаются.
И. П. Елисеев и И. А. Мишулина (1970) в 1967 л 1968 гг. в Горьковской обл. методом монолитов изучали размещение корневой системы восточно-сибирской популяции облепихи в водораздельных условиях на светло-сером суглинке среднего механического состава. Ими установлено наряду с крупными веревко-видными корнями сильное развитие мелких обрастающих корней толщиной до 3 мм. Хотя масса мелких :корней составляла от 5 до 18%, протяженность их достигала 50—74% от общей длины корней всех фракций. Корневая система высокорослых растений более мощная, чем у низкорослых. Корни их проникали в почву соответственно на глубину 120—140 и 80—120 см. Большая часть корней у высокорослых растений залегала на глубине до 80 см, у низкорослых — до 40 см.
В естественных зарослях облепиха размножается в основном вегетативно, при помощи корневых отпрысков, появляющихся на скелетных шнуровищных корнях, расположенных близко к поверхности почвы. Корневые отпрыски появляются у растений в возрасте 5—6 лет, а в культуре, при наличии рыхлой почвы,— у 3-летних сеянцев и 3-летних черенкованных растений. В первые год-два корневые отпрыски не имеют своей корневой системы и существуют за счет запасов питательных веществ материнского растения. Для корневых отпрысков характерны все свойства материнского растения; они могут служить прекрасным посадочным материалом при перенесении отборных форм облепихи в культуру и создании плантаций. Пересаженные корневые отпрыски начинают частично плодоносить в 2-летнем возрасте. Зачатки корневых отпрысков закладываются на корнях облепихи в конце вегетационного периода. При перекопке облепиховых посадок в осенние месяцы легко обнаруживаются длинные шнуровидные корни с заложенными на них белесыми почками — зачатками будущих корневых отпрысков, часто вне кроны обрабатываемого растения. Над почвой они появляются на следующий год — в течение первой половины вегетационного периода — в мае — июне. Хорошее развитие корневых отпрысков обеспечивается наличием свободного пространства с рыхлой почвой. В естественных условиях в сравнительно короткий срок образуются довольно плотные заросли облепихи. На задерненных участках в затенении зачатки корневых отпрысков сохраняются в спящем состоянии.
Характерная особенность облепихи — наличие корневых клубеньков наподобие тех, что встречаются у бобовых, лохов и ольх, играющих в жизни растений важную роль: благодаря клубенькам растение может фиксировать атмосферный азот. Е. И. Козлова,. Л, С. Бадумян, М. В. Вендило (1966) изучали корневые клубеньки облепихи в коллекции Ботанического сада МГУ и выделили три культуры микроорганизмов, по своим свойствам близкие к роду Rizobium, и условно обозначили их как R2, R3 и R4. Вегетационными опытами было выяснено, что сеянцы облепихи, бактеризованные выделенными культурами R2, R3 и R4, имели более развитую надземную часть и корневую систему по сравнению с контрольными растениями. На корнях сеянцев, бактеризованных культурами R3 и R4, обнаружены клубеньки. Наиболее крупные из них были в последнем случае. В корнях бактеризованных растений и в почве, примыкающей к ним, содержалось больше азота по сравнению с контрольными растениями, что косвенно может служить доказательством способности бактерий в клубеньках облепихи фиксировать азот из воздуха. Г. Бонд, У. Флетчер и Т. Фергуссон на сеянцах черной ольхи и облепихи при помощи меченого азота (15N) доказали фиксацию корневыми клубеньками атмосферного азота. Ассимилированный клубеньками атмосферный азот обеспечивал нормальный рост растений. У ольхи клубеньки начали образовываться при рН 4,2, у облепихи — при рН 5,4. С понижением кислотности почвы до рН 7 образование клубеньков увеличилось.
Корневые клубеньки облепихи были объектом изучения Центрального сибирского ботанического сада Сибирского отделения АН СССР. В результате исследований Г. Г. Майстренко (1973) установила, что клубеньки облепихи состоят из тех же тканей, что и корни. Клубеньки представляют собой видоизмененные под влиянием инфекции корни. Место сосредоточения инфекции в клубеньках — коровая паренхима. По наличию разветвленного мицелия, сравнительно крупному размеру (0,6—0,7 мкм), а также по своим структурным особенностям возбудитель корневых клубеньков облепихи, по Майстренко, может быть отнесен к представителям порядка актиномицетов (Actinomycetales), т. е. она присоединилась к выводу, высказанному более ста лет назад крупным микологом М. С. Ворониным. В сводной работе по симбиозу у небобовых древесных растений на примере облепихи Г. Г. Майстренко (1975) повторила свое заключение. С. Серветтаз опытным путем выяснила значение клубеньков. Она протравила семена облепихи, высеяла их в горшок со стерильной почвой и поливала дистиллированной водой. Из .33 полученных сеянцев 30 не имели клубеньков. Эти сеянцы она разделила на две группы по 15 экз. Корни одной намочили в настое из растертых клубеньков, другую высадили в качестве контроля, без привития возбудителя клубеньков. В результате сеянцы первой группы образовали клубеньки на корнях и развивались нормально, а контрольные погибли.
По наблюдениям в Ботаническом саду МГУ, корневые клубеньки на корнях сеянцев облепихи начинают появляться при наличии у них 4—5 пар листьев (кроме семядолей) — в начале июля. В опытных посевах у сеянцев в конце июня — первой 5-дневке «юля в 1969 г. корневых клубеньков не было; в начале II декады июля они встречались у части сеянцев в виде небольших белесоватых бугорков. 17—23/VII их стало много на корнях большинства выкопанных сеянцев; увеличился и размер клубеньков. Чаще всего клубеньки встречаются при первом их появлении на стержневом корне, реже — на боковых корешках.
По-видимому, корневые клубеньки могут развиваться в продолжение всего вегетационного периода и связаны с ритмом (сезонами) развития корней. Корневые клубеньки — многолетние образования. У взрослых растений облепихи они достигают достаточно крупных размеров — почти с куриное яйцо, иногда даже больше наряду с большим количеством более мелких образований. Молодая (наружная) часть клубенька обычно пергаментно-белая, старая (внутренняя) — коричневая. Такие клубеньки обычны на боковых корнях, чаще — в узлах их ветвления. При разведении облепихи на суглинистых почвах Подмосковья на корнях сеянцев корневые клубеньки появляются без внесения их со стороны. По этому поводу можно высказать два предположения: или возбудители клубеньков передаются с семенами облепихи, или же они находятся в самой почве.
Влияние клубеньков на размеры сеянцев явственно сказывается во всех вариантах опыта: сеянцы без клубеньков значительно ниже по высоте, тоньше и слабее. Высота сеянцев с клубеньками из воронцовских семян в среднем была 13,1 см (6,3—27,2 см), диаметр 2,4 мм, а без клубеньков — соответственно 9 см (3,8—10,7 см) и 1,6 мм. Отпад среди сеянцев облепихи происходит в основном за счет растений без клубеньков на корнях. Когда такие сеянцы попадают в благоприятные условия, рост и развитие их возобновляются, чему способствует появление корневых клубеньков. На суглинистых почвах Подмосковья, сравнительно богатых питательными веществами, возбудители корневых клубеньков облепихи находятся, по-видимому, в самой почве. На бедных песчаных почвах они отсутствуют, в чем мы убедились при посеве семян облепихи московской репродукции на боровых песках Мещеры во Владимирской обл. При проверке в конце вегетационного периода — в I декаде октября — однолетних сеянцев облепихи разного размера (от 15 до 33,5 см) на их корнях клубеньков не оказалось. Следовательно» при первом посеве семян облепихи и посадке растений без клубеньков на корнях на бедные песчаные почвы необходимо вносить микоризу.